Causas del SIBO: por qué aparece y por qué vuelve

Las causas del SIBO casi siempre se reducen a un fallo en alguno de los mecanismos que mantienen despoblado el intestino delgado: el barrido entre comidas, el ácido del estómago, la bilis y las enzimas pancreáticas, la válvula ileocecal y la inmunidad de la mucosa. Cuando uno de ellos deja de funcionar, bacterias que viven con normalidad en el colon acaban colonizando un tramo que no está preparado para alojarlas. Lo que más veo en consulta es motilidad lenta (con frecuencia tras una gastroenteritis), uso prolongado de omeprazol, cirugías abdominales previas y enfermedades que frenan el tránsito, como el hipotiroidismo. Identificar cuál es la tuya decide si el sobrecrecimiento se va o vuelve.

Cómo se defiende un intestino delgado sano

Para entender por qué aparece el SIBO conviene ver antes qué debería estar funcionando. El intestino delgado mantiene una carga bacteriana baja porque cinco sistemas trabajan a la vez para conseguirlo, y las causas del SIBO son, en el fondo, el fallo de alguno de ellos (Bushyhead y Quigley, 2022):

• El complejo motor migratorio. Entre comidas, y sobre todo por la noche, el intestino ejecuta unas ondas de limpieza que arrastran restos y bacterias hacia el colon. Es la escoba del sistema y solo se activa en ayunas, cuando llevas unas tres o cuatro horas sin comer.
• El ácido gástrico. Un pH muy bajo en el estómago destruye buena parte de las bacterias que llegan con la comida antes de que pasen al duodeno.
• La bilis y las enzimas pancreáticas. Tienen actividad antibacteriana propia y ayudan a mantener el ambiente controlado.
• La válvula ileocecal. Es la puerta entre el intestino delgado y el colon, y su función es impedir que el contenido del colon (donde viven billones de bacterias) refluya hacia atrás.
• La inmunidad de la mucosa, especialmente la IgA secretora, que limita qué bacterias se adhieren a la pared.

Comer mal no genera SIBO por sí solo. Lo que hacen la dieta y los hábitos es facilitar o dificultar el terreno, pero para que se instale un sobrecrecimiento tiene que haber fallado alguno de estos cinco frenos.

Motilidad lenta: la causa del SIBO más frecuente

Si tuviera que señalar un mecanismo por encima del resto, sería este. Cuando el complejo motor migratorio no barre bien, las bacterias se quedan estancadas, fermentan lo que llega y el ciclo se retroalimenta: los gases producidos alteran todavía más la motilidad.

Cuando todo empezó con una gastroenteritis

Es la historia que más se repite en consulta: “yo estaba bien hasta una intoxicación alimentaria” o “desde aquel viaje ya nunca volví a digerir igual”. Hay un mecanismo descrito detrás. Bacterias como Campylobacter jejuni, y algunas cepas de E. coli, Salmonella o Shigella, producen una toxina llamada CdtB. El sistema inmune fabrica anticuerpos contra ella, pero esa toxina se parece estructuralmente a la vinculina, una proteína de las células que coordinan la contracción intestinal. El resultado es un ataque cruzado que deja la motilidad dañada durante meses o años (Pimentel y cols., 2015).

Por eso el SIBO postinfeccioso rara vez se resuelve solo con tratar el sobrecrecimiento: si la escoba sigue rota, el terreno vuelve a repoblarse.

Hipotiroidismo, diabetes y otras enfermedades que frenan el tránsito

La hormona tiroidea regula la velocidad del tránsito, así que una tiroides lenta enlentece también el intestino. Lo desarrollo con detalle en SIBO e hipotiroidismo (Hashimoto), pero la idea es sencilla: cuando aparecen juntos, suele predominar el SIBO de metano (IMO), el que cursa con estreñimiento y el que más cuesta erradicar.

La diabetes de larga evolución hace algo parecido a través de la neuropatía autonómica, y las enfermedades del tejido conectivo, como la esclerodermia, alteran directamente la musculatura intestinal.

Estrés sostenido

El eje intestino-cerebro no es un adorno del discurso. El estrés mantenido modifica el patrón motor, reduce la secreción ácida en algunos casos y altera la sensibilidad visceral. No suele ser la única causa, pero sí el factor que impide que el resto del tratamiento funcione. Escribí sobre los mecanismos y las herramientas con evidencia en estrés y colon irritable, y casi todo lo que cuento ahí aplica igual al SIBO.

Fármacos que enlentecen el intestino

Los opioides (codeína, tramadol, morfina) son los más claros, porque frenan el peristaltismo de forma directa. También los anticolinérgicos, algunos antidepresivos tricíclicos y el uso crónico de loperamida. Ninguno de estos tratamientos se abandona por cuenta propia, pero merece la pena revisarlos con quien te los pautó si arrastras un SIBO que recae.

Poco ácido en el estómago: omeprazol, Helicobacter y edad

La segunda gran vía es la pérdida de la barrera ácida. Sin acidez suficiente, las bacterias que llegan con cada comida sobreviven al paso por el estómago.

El caso más común son los inhibidores de la bomba de protones (omeprazol, pantoprazol, esomeprazol). Un metaanálisis clásico ya situó el riesgo de SIBO por encima del de la población general (Lo y Chan, 2013), y una revisión sistemática reciente lo ha confirmado con más datos: entre pacientes en tratamiento con IBP la prevalencia de SIBO fue del 36,8 %, frente al 19,9 % en controles, con una odds ratio de 2,14. Además el riesgo aumentaba de forma proporcional a los meses de tratamiento (Revisión sistemática y metaanálisis, J Clin Med, 2025).

Esto no significa que el omeprazol sea el enemigo. Significa que un antisecretor pautado durante seis semanas por una úlcera es una cosa, y llevar siete años tomándolo “para el estómago” sin haber revisado nunca la indicación es otra muy distinta. Esa revisión la hace tu médico, no tú y no yo.

Otras situaciones que reducen la acidez: la infección por Helicobacter pylori (que además casi duplica la probabilidad de tener también sobrecrecimiento, lo explico en Helicobacter pylori y SIBO), la gastritis atrófica, la cirugía bariátrica y el descenso fisiológico de secreción ácida con la edad.

Causas anatómicas: cirugías, adherencias y válvula ileocecal

Aquí el problema no es funcional sino estructural, y suele explicar los SIBO más rebeldes:

• Adherencias tras cirugía abdominal o pélvica. Cesáreas, apendicectomías, cirugía de endometriosis o de hernias pueden dejar bridas que estrechan el paso y crean zonas de estancamiento.
• Resección de la válvula ileocecal, frecuente en enfermedad de Crohn. Sin esa puerta, el contenido del colon refluye con facilidad.
• Bypass gástrico y otras cirugías bariátricas, que modifican la anatomía y a menudo dejan asas con poco flujo.
• Divertículos de intestino delgado y asas ciegas, auténticos reservorios donde las bacterias proliferan sin ser barridas.
• Endometriosis con afectación intestinal, por la combinación de inflamación pélvica y adherencias. Lo desarrollo en SIBO y endometriosis.

Un dato que suele sorprender: en el estudio de referencia sobre recaídas, el antecedente de apendicectomía fue uno de los tres factores asociados a que el SIBO volviera tras un tratamiento eficaz (Lauritano y cols., 2008).

Causas menos evidentes que conviene descartar

Estas causas del SIBO aparecen poco en las listas habituales, pero conviene tenerlas en el radar cuando el cuadro no encaja con nada de lo anterior o cuando el tratamiento no termina de responder:

• Insuficiencia pancreática exocrina. Sin enzimas suficientes, llegan al intestino nutrientes mal digeridos que alimentan el sobrecrecimiento. Se valora con elastasa fecal.
• Déficit de IgA e inmunodeficiencias. Poco frecuentes, pero explican SIBO que no responden a nada. Sospéchalo si además tienes infecciones respiratorias de repetición.
• Celiaquía sin diagnosticar y enfermedad inflamatoria intestinal. Ambas dañan la mucosa y alteran la motilidad.
• Consumo habitual de alcohol, que afecta a la motilidad y a la permeabilidad intestinal.
• Antibióticos de repetición, que dejan una disbiosis de base sobre la que es más fácil que se instale un sobrecrecimiento.
• Antecedente de COVID-19. Un estudio poblacional de 2025 describió un aumento progresivo del riesgo de SIBO en los meses posteriores a la infección, probablemente por afectación de la motilidad y del sistema nervioso entérico (Diseases, 2025). Es una línea reciente y con datos aún limitados, pero encaja bien con lo que estoy viendo en consulta desde 2022.

Cómo saber cuál es tu causa

No hay una prueba que te diga “tu SIBO viene de aquí”. Los factores de riesgo se identifican por historia clínica, preguntando cuándo empezó todo y qué había alrededor en ese momento. Estas son las pistas que más orientan:

Pista en tu historia	Causa a sospechar	Por dónde seguir
Empezó tras una gastroenteritis o un viaje	SIBO postinfeccioso, motilidad dañada	Procinético y plan de prevención de recaídas
Llevas años con omeprazol	Barrera ácida reducida	Revisar la indicación con tu médico
Estreñimiento de toda la vida, cansancio, frío	Hipotiroidismo, SIBO de metano	Perfil tiroideo completo
Cirugía abdominal o pélvica previa	Adherencias o alteración anatómica	Valoración por digestivo
Reglas muy dolorosas, dolor pélvico	Endometriosis	Derivación a ginecología
Heces grasas, pérdida de peso, déficits	Insuficiencia pancreática o celiaquía	Elastasa fecal y serología de celiaquía
Infecciones de repetición desde siempre	Déficit inmunitario	Inmunoglobulinas en sangre
Brotes claramente ligados a épocas de estrés	Eje intestino-cerebro	Trabajo específico de regulación

Ten en cuenta que lo habitual es tener dos o tres de estos factores a la vez, no uno solo. Una mujer con hipotiroidismo, una cesárea y un trabajo con mucho estrés tiene tres puertas abiertas, y cerrar solo una no basta.

Por qué el SIBO vuelve cuando la causa sigue ahí

Este es el motivo por el que insisto tanto en la causa. En el trabajo de Lauritano, ochenta pacientes con SIBO fueron tratados con rifaximina hasta negativizar el test de aliento. A los tres meses ya había recaído el 12,6 %; a los seis meses, el 27,5 %; y a los nueve, el 43,7 %. Los factores asociados a esa recurrencia fueron la edad avanzada, el antecedente de apendicectomía y el uso crónico de IBP (Lauritano y cols., 2008).

Fíjate en qué son esos tres factores: causas estructurales o funcionales que el antibiótico no toca. La rifaximina reduce la carga bacteriana, y lo hace bien, pero no repara la motilidad ni devuelve la acidez gástrica ni deshace una adherencia. Si el terreno sigue igual, se repuebla.

Por eso el orden importa. Primero conviene confirmar el diagnóstico y el tipo con una prueba del SIBO bien preparada e interpretada, y a partir de ahí montar el plan completo que explico en cómo eliminar el SIBO paso a paso, donde la fase de prevención pesa tanto como la de erradicación. Si quieres el contexto general del cuadro, lo tienes en la guía completa del SIBO.

Mi enfoque como nutricionista especializada

Trabajo con bastantes personas que llegan a la tercera o cuarta ronda de tratamiento sin que nadie les haya preguntado cuándo empezó todo. Y esa pregunta, hecha con calma, suele valer más que otro test. Cuando alguien me cuenta que sus digestiones cambiaron después de una intoxicación en un viaje, o que empezó a hincharse el año que le pusieron omeprazol para una gastritis que ya se resolvió, ahí tenemos una hipótesis con la que trabajar.

También he aprendido a no forzar la búsqueda de una causa única. En bastantes casos no aparece un culpable claro, y perseguirlo con pruebas cada vez más caras genera más ansiedad que respuestas. Cuando eso pasa, tiene más sentido trabajar sobre lo que sí es modificable: espaciar comidas para que el complejo motor migratorio tenga ventanas de trabajo, cuidar el descanso, sostener la masticación y revisar la medicación con el médico.

Y lo digo con conocimiento de causa: yo misma pasé diez años con un SIBO de metano sin que nadie me preguntara por el origen. Ese es exactamente el tiempo que quiero ahorrarle a quien viene a consulta.

Preguntas frecuentes

¿Por qué me ha dado SIBO a mí?

En la mayoría de casos hay una combinación de factores más que una causa única: una motilidad que ya iba justa, un episodio que la empeoró (una gastroenteritis, una cirugía, una etapa de mucho estrés) y algo que redujo las defensas del intestino delgado, como un tratamiento prolongado con antisecretores. Reconstruir tu línea temporal, desde cuándo notas los síntomas y qué pasó justo antes, es el ejercicio más útil que puedes hacer antes de la primera consulta.

¿El estrés puede provocar SIBO?

El estrés por sí solo no suele bastar, pero altera el patrón de motilidad y la sensibilidad visceral a través del eje intestino-cerebro, así que actúa como facilitador y como sostenedor del problema. En personas con un SIBO ya establecido, es uno de los factores que más se asocia a que el tratamiento no termine de funcionar.

¿El omeprazol causa SIBO?

Aumenta el riesgo, y más cuanto más tiempo se toma: los datos más recientes hablan de aproximadamente el doble de probabilidad frente a quien no lo toma. Eso no lo convierte en un fármaco peligroso ni justifica dejarlo por tu cuenta, porque en muchas indicaciones el beneficio es claro. Lo razonable es revisar con tu médico si la indicación sigue vigente cuando llevas años tomándolo.

¿Por qué me vuelve el SIBO después del tratamiento?

Porque el antibiótico o el herbáceo bajan la carga bacteriana, pero no corrigen lo que permitió el sobrecrecimiento. Cerca de la mitad de los pacientes vuelven a dar positivo antes del año si no se aborda la causa. Cuando el SIBO recae dos o más veces, la prioridad deja de ser repetir tratamiento y pasa a ser buscar el factor de fondo.

¿El SIBO se contagia o se hereda?

No se contagia: no se transmite de persona a persona. Tampoco se hereda como tal, aunque sí pueden heredarse condiciones que predisponen, como algunos trastornos de la motilidad, la celiaquía o enfermedades del tejido conectivo. Lo que a veces parece un patrón familiar suele ser una combinación de genética compartida y hábitos compartidos.

En resumen

• Las causas del SIBO se agrupan en cuatro bloques: motilidad lenta, pérdida de la barrera ácida, alteraciones anatómicas y fallos de la inmunidad o de la digestión.
• La motilidad enlentecida es la vía más frecuente, y con mucha frecuencia arranca en una gastroenteritis previa por el mecanismo CdtB-vinculina.
• El uso prolongado de omeprazol y similares multiplica por dos el riesgo, con un efecto que crece con los meses de tratamiento.
• Las cirugías abdominales, las adherencias y la pérdida de la válvula ileocecal explican buena parte de los casos rebeldes.
• Sin tratar la causa, la recurrencia ronda el 44 % a los nueve meses de un tratamiento eficaz. Ahí está la diferencia entre erradicar el SIBO y convivir con él.

Reserva tu consulta

Si llevas tiempo dando vueltas al SIBO, has hecho una o varias rondas de tratamiento y sigues sin saber de dónde te viene, ese es justo el trabajo que hago en el acompañamiento nutricional del SIBO: reconstruir tu historia, identificar qué factores siguen abiertos y montar un plan que no dependa de repetir antibiótico cada seis meses. Reserva tu consulta gratuita y lo vemos con tu caso concreto delante.

Referencias

• Bushyhead, D. y Quigley, E. M. M. (2022). Small Intestinal Bacterial Overgrowth: Pathophysiology and Its Implications for Definition and Management. Gastroenterology, 163(3), 593-607. doi:10.1053/j.gastro.2022.04.002
• Lauritano, E. C., Gabrielli, M., Scarpellini, E. y cols. (2008). Small Intestinal Bacterial Overgrowth Recurrence After Antibiotic Therapy. American Journal of Gastroenterology, 103(8), 2031-2035. doi:10.1111/j.1572-0241.2008.02030.x
• Lo, W. K. y Chan, W. W. (2013). Proton Pump Inhibitor Use and the Risk of Small Intestinal Bacterial Overgrowth: A Meta-analysis. Clinical Gastroenterology and Hepatology, 11(5), 483-490. doi:10.1016/j.cgh.2012.12.011
• The Duration of Proton Pump Inhibitor Therapy and the Risk of Small Intestinal Bacterial Overgrowth: A Systematic Review and Meta-Analysis (2025). Journal of Clinical Medicine, 14(13), 4702. doi:10.3390/jcm14134702
• Pimentel, M., Morales, W., Pokkunuri, V. y cols. (2015). Autoimmunity Links Vinculin to the Pathophysiology of Chronic Functional Bowel Changes Following Campylobacter jejuni Infection in a Rat Model. Digestive Diseases and Sciences, 60(5), 1195-1205. doi:10.1007/s10620-014-3435-5
• Quigley, E. M. M., Murray, J. A. y Pimentel, M. (2020). AGA Clinical Practice Update on Small Intestinal Bacterial Overgrowth: Expert Review. Gastroenterology, 159(4), 1526-1532. doi:10.1053/j.gastro.2020.06.090
• Progressive Increase in Small Intestinal Bacterial Overgrowth Risk Following COVID-19 Infection: A Global Population-Based Study (2025). Diseases, 13(9), 275. doi:10.3390/diseases13090275