SIBO e hipotiroidismo (Hashimoto): por qué van juntos

Si tienes hipotiroidismo o tiroiditis de Hashimoto y llevas años con hinchazón, gases o estreñimiento que nadie termina de explicarte, hay una posibilidad que conviene mirar: el SIBO. Las personas con hipotiroidismo tienen alrededor del doble de riesgo de desarrollar sobrecrecimiento bacteriano del intestino delgado que la población general, y el riesgo sube algo más cuando el origen es autoinmune. El mecanismo principal es sencillo de entender: la hormona tiroidea regula la velocidad a la que se mueve tu intestino, y un intestino delgado lento acumula bacterias donde no debería haberlas. Tratar la tiroides no siempre resuelve el digestivo, y ahí es donde suele quedarse atascada la paciente.

Por qué el hipotiroidismo favorece el SIBO

La tiroides y el intestino se hablan más de lo que sugieren sus etiquetas de especialidad. Cuando la función tiroidea baja, el aparato digestivo lo nota, y varios de esos cambios crean justo las condiciones que necesita un sobrecrecimiento bacteriano para instalarse.

El tránsito lento, el mecanismo principal

La hormona tiroidea actúa como un acelerador general del metabolismo, y eso incluye la motilidad digestiva. En el hipotiroidismo, el tránsito se enlentece de forma medible: por eso el estreñimiento es uno de los síntomas clásicos del cuadro.

El problema es que el intestino delgado se limpia gracias a un mecanismo concreto, el complejo motor migratorio, esas ondas de barrido que recorren el tubo digestivo entre comidas y arrastran restos y bacterias hacia el colon. Si ese barrido pierde fuerza o frecuencia, las bacterias se quedan, colonizan un tramo donde deberían ser pocas y empiezan a fermentar tu comida antes de que la absorbas. De ahí la hinchazón, los gases y el dolor.

Este mecanismo explica un detalle clínico importante: en hipotiroidismo pesa especialmente el SIBO de metano (IMO), el tipo que cursa con estreñimiento y enlentece todavía más el tránsito, cerrando el círculo. Si tu síntoma dominante es el estreñimiento y no la diarrea, te interesa entender por qué el metano se comporta distinto y por qué cuesta más tratarlo, algo que desarrollo en la guía del SIBO de metano (IMO).

Menos ácido en el estómago, menos filtro

El ácido gástrico es una de las barreras que impide que las bacterias que llegan con la comida colonicen el intestino delgado. Y aquí la tiroiditis de Hashimoto tiene una particularidad: se asocia con frecuencia a la gastritis atrófica autoinmune, un cuadro en el que el sistema inmune ataca a las células que producen ácido.

No es anecdótico. Se han descrito anticuerpos anticélula parietal en torno al 20 % de pacientes con Hashimoto, y la tiroiditis autoinmune aparece en una proporción alta de los casos de gastritis autoinmune (Cellini et al., 2017). Menos ácido significa menos filtro, y menos filtro facilita el sobrecrecimiento. Es también la razón por la que en estos pacientes conviene vigilar la vitamina B12 y el hierro.

Microbiota, minerales y hormona tiroidea

La relación va en las dos direcciones. La microbiota intestinal participa en la absorción de yodo, hierro, selenio y zinc, cuatro minerales implicados en la producción de hormona tiroidea y en la conversión periférica de T4 a T3. El selenio, por ejemplo, es componente esencial de las enzimas deiodinasas, las que activan la hormona. Cuando la microbiota está alterada y la absorción se resiente, la función tiroidea puede notarlo (Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2024).

Dicho esto, conviene no estirar el argumento más de lo que da. Que exista una vía biológica plausible no significa que corregir la microbiota vaya a arreglar una tiroiditis autoinmune. Es un factor más, no la pieza que faltaba.

Qué dicen los estudios sobre SIBO e hipotiroidismo

Aquí hay que separar el titular de la letra pequeña, porque circula mucha cifra alarmista.

El dato que más se repite viene de un estudio italiano de 2007 (Lauritano et al., JCEM): de 50 pacientes con hipotiroidismo por tiroiditis autoinmune, el 54 % dio positivo en test de aliento con glucosa, frente al 5 % de los controles. Además, la hinchazón y las molestias abdominales mejoraron tras el tratamiento antibiótico. Es un resultado potente, pero con 50 pacientes de un solo centro.

El trabajo más sólido es reciente y da cifras más contenidas. Wei y colaboradores (2025), publicado en The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism, usó cultivo duodenal (no test de aliento, que sobrediagnostica) y una base de datos de millones de historias clínicas. Sus resultados:

• SIBO en el 32,7 % de las personas con hipotiroidismo frente al 15,2 % de los controles.
• Riesgo de desarrollar SIBO a 10 años: 2,2 veces mayor en hipotiroidismo y 2,4 veces mayor en tiroiditis autoinmune.
• En las personas con hipotiroidismo y SIBO predominaba Klebsiella, mientras que en el SIBO sin problema tiroideo predominaban Escherichia y Shigella.

O sea: el riesgo está, es aproximadamente el doble, y no es el 54 % de todo el mundo. Si tienes Hashimoto no tienes SIBO por definición, pero sí tienes motivo para investigarlo cuando hay síntomas digestivos que no ceden.

Cómo sospechar SIBO si tienes hipotiroidismo

El lío está en que ambos cuadros comparten síntomas. Estreñimiento, hinchazón y cansancio aparecen en los dos, y es fácil atribuirlo todo a la tiroides. Estas señales ayudan a orientar la sospecha:

Señal	Apunta más a la tiroides	Apunta más a SIBO
Ritmo de los síntomas	Constante, poco ligado a las comidas	Empeora después de comer, sobre todo con fermentables
Hinchazón	Sensación de pesadez general, retención	Distensión que crece a lo largo del día
Analítica	TSH alterada, síntomas acordes	TSH controlada y aun así digestivo revuelto
Diarrea	Poco frecuente en hipotiroidismo	Frecuente, sobre todo en SIBO de hidrógeno
Intolerancias	Estables	Nuevas y crecientes (lácteos, legumbres, cereales)

La señal que más me hace sospechar en consulta es la tercera: la TSH está en rango, tu endocrino te dice que la tiroides está bien, y tú sigues igual de hinchada. Eso merece mirar el intestino delgado. La aparición de diarrea también llama la atención, porque es un síntoma poco típico del hipotiroidismo. Para reconocer el patrón completo tienes el detalle en síntomas del SIBO.

Levotiroxina y SIBO: la parte que casi nadie explica

Este apartado genera confusión, así que voy por partes.

Un estudio de cohortes alemán de 2017 (Brechmann et al.) analizó 1.809 pacientes y encontró que tomar levotiroxina multiplicaba por casi 3 la probabilidad de tener SIBO, siendo el factor asociado más fuerte del modelo. Ese dato se usa a veces para sugerir que la levotiroxina “provoca” SIBO, y no es una lectura razonable: quien toma levotiroxina es, precisamente, quien tiene hipotiroidismo. El fármaco marca la enfermedad de base.

De hecho, el estudio de Wei apunta en dirección contraria: el tratamiento tiroideo reducía el riesgo de SIBO, de forma marcada en el hipotiroidismo común y más modesta en la tiroiditis autoinmune. Tratar bien la tiroides protege el intestino, no al revés.

Lo que sí es relevante clínicamente es el otro sentido de la flecha. La levotiroxina en comprimido se disuelve en el estómago y se absorbe en el yeyuno e íleon superior, justo el territorio que el SIBO altera. Un ensayo de 2024 en Endocrine Practice (Bohinc Henderson) con 75 pacientes hipotiroideos con síntomas intestinales encontró que, al pasar de comprimido a solución líquida a la misma dosis, la TSH se normalizó en el 77,6 % de los casos frente al 57,1 % con comprimido, con mejoría añadida de los síntomas digestivos.

Traducido a lo que te importa: si tu TSH no acaba de estabilizarse pese a ajustar dosis y tienes síntomas digestivos, el SIBO puede estar interfiriendo en la absorción de tu medicación. Es una conversación que merece tener con tu endocrino. No cambies de formulación ni de dosis por tu cuenta.

Qué hacer si tienes hipotiroidismo y sospechas SIBO

El orden importa, porque tratar el sobrecrecimiento sin tocar la causa lleva casi siempre a recaída.

1. Optimiza primero el control tiroideo. Si tu TSH está descontrolada, la motilidad seguirá lenta y el SIBO volverá aunque lo erradiques. Este paso es de tu endocrino, y es el cimiento de todo lo demás.

2. Confirma el SIBO con una prueba bien hecha. El test de aliento sigue siendo lo más accesible, pero su valor depende por completo de la preparación previa y de una interpretación prudente. En hipotiroidismo hay un matiz técnico: con el tránsito enlentecido, el test estándar de dos horas puede quedarse corto. Te explico cómo prepararlo y leerlo en la guía de la prueba del SIBO.

3. Trata el sobrecrecimiento con criterio. Rifaximina o antimicrobianos herbáceos según el caso, con la pauta ajustada al tipo de SIBO. Si sale metano, el abordaje cambia. Lo tienes desarrollado en cómo eliminar el SIBO y en la guía completa del SIBO.

4. Trabaja la motilidad para prevenir recaídas. Aquí está la clave en hipotiroidismo, porque la causa de fondo no desaparece. Procinéticos si tu médico lo considera, espaciado real entre comidas para permitir el barrido intestinal (evitar el picoteo continuo es más importante de lo que parece) y cenar con tiempo antes de acostarte.

5. Ajusta la alimentación como fase, no como condena. La dieta baja en FODMAP temporal calma los síntomas mientras se trata el sobrecrecimiento, pero mantenerla meses empobrece la microbiota y complica el fondo del problema. Si quieres una guía de qué suele dar más guerra, la tienes en qué no comer con SIBO.

Un apunte sobre minerales: en Hashimoto conviene vigilar hierro, B12, selenio, zinc y vitamina D, tanto por la gastritis autoinmune asociada como por el propio SIBO, que interfiere en la absorción. Vigilar no significa suplementar a ciegas. Suplementar sin analítica, sobre todo yodo, puede empeorar una tiroiditis autoinmune.

Mi enfoque como nutricionista especializada

La paciente tipo que me llega con este cuadro lleva años partida en dos consultas que no se hablan. Por un lado el endocrino, que le dice que su TSH está perfecta. Por otro el digestivo, que le dice que es colon irritable y que aprenda a vivir con ello. Y ella en medio, hinchada todos los días desde hace años, convencida de que exagera.

Lo primero que hago es validar que los síntomas son reales y tienen explicación. Lo segundo, ordenar la secuencia: no tiene sentido lanzarse a tratar un SIBO si la tiroides está mal ajustada, igual que no tiene sentido subir la dosis de levotiroxina indefinidamente sin preguntarse si se está absorbiendo.

Donde más cuidado pongo es con el mercado de la “tiroides funcional”. Circulan protocolos que prometen resolver el Hashimoto tratando el intestino, con listas larguísimas de suplementos y retiradas de alimentos que no acaban nunca. El SIBO en hipotiroidismo es un problema tratable que mejora mucho la calidad de vida cuando se aborda bien, y ese es el objetivo realista. La tiroiditis autoinmune no se revierte con dieta, y quien te diga lo contrario te está vendiendo algo.

Preguntas frecuentes

¿El hipotiroidismo causa SIBO o es al revés?

Lo mejor documentado es la dirección hipotiroidismo → SIBO, a través del enlentecimiento del tránsito intestinal. La vía contraria existe como hipótesis (la microbiota influye en la absorción de minerales necesarios para la hormona tiroidea), pero está mucho menos establecida. En la práctica se retroalimentan.

Tengo Hashimoto y estoy hinchada todos los días, ¿es SIBO?

Puede serlo, y merece investigarse, sobre todo si la hinchazón crece a lo largo del día, empeora con las comidas y no cede aunque tu TSH esté en rango. Pero la hinchazón tiene más causas posibles y solo el test de aliento confirma el sobrecrecimiento.

¿Puede el SIBO hacer que la levotiroxina no me funcione?

Sí, es plausible y está descrito. La levotiroxina se absorbe en el tramo del intestino delgado que el SIBO altera, y hay datos de mejor control de la TSH al cambiar a formulación líquida en pacientes con SIBO. Coméntalo con tu endocrino si tu TSH no se estabiliza; no modifiques nada por tu cuenta.

Si trato el SIBO, ¿mejorará mi tiroides?

Mejorarán tus síntomas digestivos y, posiblemente, la absorción de tu medicación y de algunos minerales. Eso no equivale a curar la tiroiditis autoinmune, que sigue necesitando su seguimiento y su tratamiento.

¿Tengo que dejar el gluten si tengo Hashimoto y SIBO?

No por sistema. Sí tiene sentido descartar celiaquía, porque coexiste con Hashimoto más de lo esperable, y hacerlo antes de retirar el gluten (si ya lo has quitado, el resultado se falsea). Fuera de la celiaquía, la evidencia de que retirar gluten mejore la tiroiditis es débil.

En resumen

• El hipotiroidismo multiplica por dos el riesgo de SIBO, y algo más si es de origen autoinmune.
• El mecanismo principal es el tránsito lento, que impide el barrido del intestino delgado entre comidas y favorece el sobrecrecimiento, con predominio de metano.
• Las cifras del 54 % que circulan vienen de un estudio pequeño de 2007; los datos recientes y más rigurosos hablan del 33 %.
• Sospecha SIBO sobre todo si tu TSH está controlada y aun así sigues con hinchazón, gases o cambios del ritmo intestinal.
• El SIBO puede interferir en la absorción de la levotiroxina, algo que merece consultar con tu endocrino si tu TSH no se estabiliza.
• El orden que funciona: ajustar la tiroides, confirmar el SIBO, tratarlo y sostener la motilidad para evitar recaídas.

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Referencias

• Wei, M., Mehravar, S., Leite, G., et al. (2025). Relationship Between Hypothyroidism, Risk of Small Intestinal Bacterial Overgrowth, and Duodenal Microbiome Alterations. The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism, 111(3), 707-720. https://doi.org/10.1210/clinem/dgaf495
• Lauritano, E. C., Bilotta, A. L., Gabrielli, M., et al. (2007). Association between Hypothyroidism and Small Intestinal Bacterial Overgrowth. The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism, 92(11), 4180-4184. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17698907/
• Brechmann, T., Sperlbaum, A., & Schmiegel, W. (2017). Levothyroxine therapy and impaired clearance are the strongest contributors to small intestinal bacterial overgrowth: Results of a retrospective cohort study. World Journal of Gastroenterology, 23(5), 842-852. https://doi.org/10.3748/wjg.v23.i5.842
• Bohinc Henderson, B. (2024). Liquid Thyroxine Improves Outcomes in Hypothyroid Patients With Small Intestinal Bacterial Overgrowth and Irritable Bowel Syndrome. Endocrine Practice, 30(6), 505-512. https://doi.org/10.1016/j.eprac.2024.03.005
• Cellini, M., Santaguida, M. G., Virili, C., et al. (2017). Hashimoto’s Thyroiditis and Autoimmune Gastritis. Frontiers in Endocrinology, 8, 92. https://doi.org/10.3389/fendo.2017.00092
• Zhang, J., et al. (2024). Recent advances in gut microbiota and thyroid disease: pathogenesis and therapeutics in autoimmune, neoplastic, and nodular conditions. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 14. https://doi.org/10.3389/fcimb.2024.1465928